El funcionamiento de las Reales Atarazanas era un máquina bien engrasada y podríamos compararla con una multinacional actual, donde la búsqueda de la competitividad y de la mayor productividad era una constante. Para conseguir su objetivo sus mayores activos era la mano de obra cualificada, para ello desde muy pronto se les premió con la reducción de impuestos, llegando a estar exentos de pagos en algunos momentos, siendo conocidos como obreros francos. A la cabeza de todo se encontraba el Alcaide, su misión era la de asegurar el funcionamiento del astillero, su poder era tan notorio que tenía una silla en el cabildo de la ciudad. Llegando a tener potestad para infligir castigos y privilegios a sus trabajadores.
Los oficiales que fijaba la plantilla de las Atarazanas, fluctúan según el momento histórico pero hay que señalar que los componen en su mayor parte los trabajo y oficios dedicados a la construcción de los navíos y sus aparejos.
